Tot het begin van de veertiende eeuw moet Noordwijk aan Zee zo klein en onbelangrijk zijn geweest dat er geen kerk in het dorp stond. Voor het bijwonen van de mis moest men naar Noordwijk Binnen. Daar was naar alle waarschijnlijkheid al voor de tijd van Jeroen sprake van de Sint Maartenskerk. In het begin van de veertiende eeuw, zo rond 1320, werd een kapel gebouwd aan het einde van de Hoofdstraat, recht tegenover de huidige kapel. Deze kapel werd in de tachtigjarige oorlog door de Spanjaarden verwoest. Een gravure van Abraham Rademaker laat zien hoe deze kapel er uit zag. Het duurde tot 1647 voor het zeedorp een nieuwe kerk kreeg, de huidige Kapel. Waarschijnlijk was men voor kerkbezoek in die tussentijd weer op Binnen aangewezen. Ook is het mogelijk dat er toch nog diensten in de restanten van de oude kapel zijn gehouden. We weten namenlijk dat ene dominee Van Rossum in 1646 in de kapelruïne werd bevestigd als predikant van Zee. De gemeente telde toen 95 lidmaten.
In de loop der tijden hebben tal van verbouwingen aan de Kapel plaatsgevonden, waaronder het in 1900 aanbrengen van een zijvleugel. Deze uitbreiding was echter maar een kort leven beschoren. Een kleine dertig jaar later, in 1928, moest de aanbouw plaats maken voor de huidige Kerk aan Zee. Tot de restauratie van de Kapel in 1967-1968 vormde de kerk en Kapel een geheel. Bij die restauratie werd de Kapel, door het aanbrengen van een tussenmuur, weer in de oude staat terug gebracht. Niet eerder dan in 1865 is er sprake van een orgel in de Kapel. In dat jaar werd een, door de firma Knipscheer uit Amsterdam gebouwd, orgel geplaatst. Waarschijnlijk werd er voor die tijd alleen ‘a capella’ gezongen. Nadat het Knipscheerorgel bij het gereedkomen van de Kerk aan Zee naar dit deel van de kerk verhuisde, werd bij de al genoemde restauratie weer een orgel in de Kapel geplaatst. Dit orgel was afkomstig van een buiten gebruik gestelde kerk in Noord-Holland.
Een twintigtal jaren geleden tenslotte zijn de muren van de Kapel, binnen en buiten, grondig aangepakt. Zo bepaalt de Kapel al meer dan 350 jaar het beeld van de kom van Noordwijk aan Zee.